Sídlo Múzea Spiša prešlo v rokoch 2015 – 2016 rozsiahlou rekonštrukciou. V tomto čase začala príprava novej prírodovednej expozície, ktorá by komplexne prezentovala prírodu Spiša. Zámerom tohto projektu bola realizácia prvej etapy expozície v troch úvodných miestnostiach. Prvá miestnosť predstavuje históriu múzejníctva na Spiši prostredníctvom priestorovej inštalácie múzea rodiny Csáky v Hodkovciach a interaktívneho kiosku s doplnkovými informáciami.
Múzeum Spiša v spolupráci s Katedrou archeológie Filozofickej fakulty Univerzity Konštantína Filozofa v Nitre, Múzeom v Kežmarku a spoločnosťou Archeológia Spiš realizovalo v roku 2021 projekt archeologického výskumu na vedecké a dokumentačné účely na lokalite Jánovce-Machalovce, v polohe Hradisko. Výskum priniesol doklady osídlenia v minulosti, predovšetkým v dobe laténskej.
Hoci je Múzeum Spiša z dôvodu pandémie dočasne zatvorené pre verejnosť, pracovný ruch v ňom neustáva. Súčasnú dobu využívame na prípravu nových výstav, na ktoré sa budete môcť tešiť ihneď po uvoľnení opatrení. Našou prácou je tiež starostlivosť o zbierkové premety. Tie sú uložené v depozitároch, do ktorých verejnosť zvyčajne prístup nemá. Pokiaľ ide o počet zbierkových predmetov, najbohatšie zastúpený je fond zoológie bezstavovcov s viac ako 35 tisíc položkami! Tieto zbierky sú však obzvlášť náchylné na pôsobenie škodcov.
